Borneo en de Grote Oost werden onder het bestuur van de Japanse marine geplaatst. Het hoofdkwartier werd in Makasser op Celebes gevestigd en het gebied werd in drie Civiele Marine Administraties, de Kaigun Minseibu’s onderverdeeld. Dit waren resp. de Borneo KMbu, de Celebes KMbu en de Ceram KMbu, de laatste was verantwoordelijk voor de kleine Soenda Eilanden, de Molukken en (in het begin) Nieuw-Guinea. Iedere KMbu was verantwoordelijk voor zijn eigen postadministratie en gaf zijn eigen postzegels uit.

Omdat het gebied uit tienduizenden eilanden bestaat duurde het openen van de postkantoren veel langer dan op Java en Sumatra. In Zuid Oost Borneo gingen zij al in juni 1942 open, op Flores was dat pas in februari 1943.

Met uitzondering van een aantal lokale uitgiften zoals de zonopdruk van Lombok, de Flores Gunsei Kitte zegel en twee noodzegels voor Zuid Oost Borneo, bestaan de meeste bezettingszegels uit een ankeropdruk op een vooroorlogs zegel. Omdat de opdrukken op diverse locaties zijn aangebracht ontstond een grote verscheidenheid aan ankeropdrukken.

Hoewel Japanse zegels ook in het marine gebied geldig waren, komen ze veel minder voor dan op Sumatra. Er bestaat slechts één definitieve uitgifte uit het marine gebied, een serie die in 1943 in Tokyo is gedrukt en vanuit Makasser is gedistribueerd. In 1944/1945 zijn zegels met speciale opdrukken voor gebruik op telegrafische postwissels (TPW’s) uitgegeven.