Enkele maanden na de soevereiniteitsoverdracht werd de federale republiek R.I.S. opgeheven en de eenheidsstaat Republik Indonesia uitgeroepen met Jakarta op Java als hoofdstad. De Zuid Molukse eilanden verworpen deze centralisatie en riepen op 25 april 1950 hun eigen onafhankelijke Republik Maluku Selatan (R.M.S. = Republik van de Zuid Molukken) uit.

Zij vochten een aantal jaren voor hun onafhankelijkheid. In deze periode zijn Indonesische zegels met Republik Maluku Selatan overdrukt. Hoewel zeer zeldzaam bestaan echt gebruikte zegels met afstempelingen Amboina en Saparoea. De leiders van de R.M.S. hebben nog een aantal zegels besteld bij postzegelhandel J. & H. Stolow & Co. Deze zijn door de Oostenrijkse Staatsdrukkerij in Wenen gedrukt. Gebruikte exemplaren zijn niet bekend.

In 1953 richtten de leiders van Darul Islam (Huis van Islam) de Negara Islam Indonesia (Islamitische Staat Indonesië) op, met Sukarmadji Maridjan Kartosuwirjo als hoofd. In 1962 werd Kartosuwirjo gearresteerd en geëxecuteerd en Negara Islam Indonesia opgeheven. Wanneer de serie van twee zegels is uitgegeven is onbekend.

Eind 1957 begon een opstand in delen van Sumatra en Noord Sulawesi. Op 15 februari 1958 werd in Padang de PPRI (Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia = Revolutionaire Tegenregering van de Republiek Indonesia) uitgeroepen. Zij voerden een “met alle middelen oorlog” = “Perdjoengan Semesta” (Permesta) tegen het zittende regime.

Eén jaar na het begin van de opstand is in Noord Sulawesi een serie van 4 postzegels uitgegeven. De zegels zijn bekend met afstempelingen Kotamobagu en Inobonto. Volgens de postchef van Kotamobagu zijn ze ook in een aantal andere plaatsen gebruikt.

De Indonesische autoriteiten vonden dat gedeelten van de archipel die nog niet onder hun gezag stonden, deel zouden moeten uitmaken van Indonesië. Daardoor begon de zogenaamde “Konfrontasi politik” met Maleisië over de soevereiniteit van Noord Borneo. Deze opvatting werd ondersteund door guerrilla activiteiten vanuit het Indonesische gedeelte van het eiland. Om de “annexatie” te vieren werd een serie zegels gedrukt met inschrift Negara Kesatuan Kalimantan Utara (Verenigde Staat Noord Borneo). De zegels zijn niet uitgegeven, van één waarde zijn een aantal misdrukken overgebleven.

Op 30 september 1965, probeerde de Indonesische Communistische Partij de macht over te nemen. Ter voorbereiding op de staatsgreep zijn zegels uit 1964 met de afbeelding van President Soekarno overdrukt met Republik Rakjat Indonesia (Volksrepubliek Indonesia). De staatsgreep mislukte en de zegels verschenen in pakketten bij handelaren in Hong Kong.

De Organisasi Papua Merdeka (Organisatie voor een Onafhankelijk Papoea) bestond uit een groep Papoeaas, die voor de onafhankelijkheid van West Nieuw-Guinea vochten. In 1978 bestelt de verzetsgroep postzegels om grotere publiciteit voor hun strijd te krijgen. De zegels zijn een private propaganda uitgifte. De regering-in-ballingschap van de Republik Maluku Selatan steunde de O.P.M. en voorzag ze van een aantal zegels van de R.M.S., die met O.P.M. werden overdrukt.